В случае, если по итогам налогового периода сумма налоговых вычетов превышает общую сумму НДС, исчисленную по операциям, признаваемым объектом налогообложения, то полученная разница подлежит возмещению (зачету, возврату) налогоплательщику. Указанная сумма направляется в течение трех календарных месяцев, следующих за истекшим налоговым периодом, на исполнение обязанностей налогоплательщика по уплате налогов или сборов, включая налоги, уплачиваемые в связи с перемещением товаров через таможенную границу РФ, на уплату пени, погашение недоимки, сумм налоговых санкций, присужденных налогоплательщику, подлежащих зачислению в тот же бюджет.
Налоговые органы производят зачет самостоятельно, а по НДС, уплачиваемым в связи с перемещением товаров через таможенную границу РФ, по согласованию с таможенными органами и в течение десяти дней после проведения зачета сообщают о нем налогоплательщику. По истечении трех календарных месяцев, следующих за истекшим налоговым периодом, сумма, которая не была зачтена, подлежит возврату налогоплательщику по его письменному заявлению. Налоговый орган в течение двух недель после получения указанного заявления принимает решение о возврате указанной суммы налогоплательщику из соответствующего бюджета и в тот же срок направляет это решение на исполнение в соответствующий орган федерального казначейства.